爱琴海航空(Aegean Airlines)成立于1987年,航空公司最初时是提供VIP商服空中服务和空中救护车服务。1992年2月17日,爱琴海航空公司成为第一家拥有希腊独立民航营运牌照的航空公司。1994年购买了Vasilakis组,航空公司使用里尔喷射机来提供VIP服务。1999年5月,航空公司正式提供定期客运服务。
希腊爱琴海航空公司(Aegean Airlines)于1999年以来首次发布新标志和涂装。首班商业航班,2架新的BAe 146飞行由雅典飞往伊拉克利翁,克里特飞往塞萨洛尼基、马其顿。1999年收购了希腊航空,之后于2001年3月合并爱琴海航空和Cronus航空。2005年,航空公司与德国汉莎航空合伙,提供Miles & More。2006年3月,航空公司与TAP葡萄牙航空有一个合作协议。2008年12月,航空公司宣布与布鲁塞尔航空合作。
航空公司分别由Laskaridis组,Vassilakis组,B Konstantakopoulos , D Ioannou , G David and Piraeus Bank拥有。2009年,航空公司便拥有了2,300位职员。
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